就像N.E.S.T.S组织预料的一样，全球的恐怖事件正一轮接一轮的展开着。与此同时Heidern上校与他的部下觉得事情与K'，Maxima他们两人有关，并策划去调查他们。正当Heidern上校准备跟踪K'与Maxima时却得知令一场格斗比赛即将开幕，《KOF2000》争霸赛。世界各地的格斗家收到了邀请卡准备全力应战，但使他们万万没想到的是K'与Maxima也在队伍中。
此外，神秘组织N.E.S.T.S所发出的邀请卡意味着第二阶段的计划已经开始了。神秘组织N.E.S.T.S的行动是个巧合，又或者是……？只有时间才能证明这一切。就像暴风雨之前的平静，混乱即将开始！拳皇大赛又开幕了……

KOF2000系统说明
紧急回避系统：
    舍弃了前作的前移系统，变回以前的前紧急回避系统。不可以使出回避攻击，移动距离会更远。而后紧急回避系统也变回以前的后紧急回避系统，即不会在自动弹前。

超必杀技的改变：
    普通的超必杀技与前作是一样的，即只需消耗一颗超必珠。但是MAX超必杀技就不同了，必须以消耗三颗超必珠为代价与体力是否为红色没有关系。而使出MAX超必杀技时除了威力大增之外，背景也会有变化。

挑拨系统的强化：
    在今作中挑拨系统不再只是玩乐对手，在有一颗超必珠以上的情况下进行挑拨，能够增加自己一STRIKER的机会，但要消耗一颗超必珠。
　
STRIKER系统的变更：
    是称为「ACTIVATE STRIKER」的新系统，呼出STRIKER的时机可能会有变化，即能在空中或攻击时也可呼出STRIKER。在通常投掷后，呼出STRIKER的话，则要消耗一个STRIKER与一颗超必珠，而STRIKER也会变成专用的STRIKER追加攻击。

COUNTER MODE：
    前作中的系统，要消耗三颗超必珠，除可以增强攻击力外，更可作出必杀技取消超必杀技的强力连续技。

    ARMOR MODE：
    前作中的系统，要消耗三颗超必珠，除可以增强防御力外，受到攻击时更不会中止原先的动作，也没有硬直，而且防御任何招式也不会被削减体力。